苯唑西林钠胶囊与阿莫西林都属于β-内酰胺类抗生素中的青霉素类，但两者在化学结构、抗菌谱及临床应用方面存在差异，不能完全等同。
苯唑西林钠属于耐酶青霉素，其结构中含有异噁唑基团，能抵抗金黄色葡萄球菌产生的β-内酰胺酶。主要用于治疗产青霉素酶葡萄球菌所致的皮肤软组织感染、呼吸道感染等。阿莫西林为广谱青霉素，对革兰阳性菌如溶血性链球菌、肺炎链球菌，以及部分革兰阴性菌如大肠埃希菌、奇异变形杆菌均有抗菌活性，但易被β-内酰胺酶水解，因此常与克拉维酸组成复方制剂增强疗效。临床上阿莫西林常用于中耳炎、鼻窦炎、下呼吸道感染以及幽门螺杆菌根除治疗。
两者用药时均需进行青霉素皮试，且可能引起皮疹、腹泻等不良反应。苯唑西林钠使用期间需监测肝功能，而阿莫西林在传染性单核细胞增多症患者中易诱发药疹。具体药物选择需根据病原菌类型、感染部位及患者个体情况，在医生指导下规范使用，不可自行替换。