氯雷他定一般不会对神经造成明显影响，但少数患者可能出现头痛、嗜睡等轻微反应。该药物属于第二代抗组胺药，其脂溶性较低，对中枢神经系统的穿透性较弱，因此相较于第一代抗组胺药，其神经系统副作用发生率显著降低。
氯雷他定的主要作用机制是通过阻断外周H1受体缓解过敏症状。由于血脑屏障穿透能力较弱，常规剂量下通常不会引起明显的神经系统抑制。临床数据显示，约1%-3%的用药者可能出现头痛症状，这可能与组胺受体在中枢神经系统的调节作用有关。嗜睡反应的发生率约为2%-4%，主要出现在药物代谢较慢或对药物成分敏感的人群中。极少数情况下可能出现震颤、焦虑等反应，但发生率低于0.1%，多与超剂量使用或特殊体质相关。
用药期间建议避免从事高空作业、驾驶等需要高度注意力的活动。若出现持续性头痛、过度嗜睡或异常神经症状，应及时咨询医生调整用药方案。特殊人群如肝肾功能不全者需在医生指导下调整剂量，避免药物蓄积。