固肠止泻丸作为中成药，主要适用于脾肾阳虚引起的久泻、慢性腹泻等症状，适合慢性肠炎、溃疡性结肠炎、脾胃虚弱、五更泄泻以及肠易激综合征腹泻型人群。用药前需经中医辨证，并在医生指导下使用。
1、慢性肠炎患者
慢性肠炎患者因肠道功能紊乱可能出现长期腹泻、腹痛等症状。固肠止泻丸通过调和脾胃、涩肠止泻的作用，能缓解肠道蠕动异常引起的排便次数增多。此类患者常伴有消化不良或黏液便，用药期间需注意饮食清淡。
2、溃疡性结肠炎患者
对于非活动期的轻中度溃疡性结肠炎患者，该药可通过收敛固涩作用减轻腹泻症状。但需注意该药不能替代氨基水杨酸制剂等主流治疗药物，急性发作期或伴有便血时应立即就医。
3、脾胃虚弱者
中医辨证为脾胃虚寒的泄泻患者，常见大便溏薄、食欲不振、四肢不温等症状。药方中诃子、肉豆蔻等成分能温中健脾，改善脾胃运化功能，此类人群服用时需忌食生冷油腻食物。
4、五更泄泻人群
肾阳不足导致的黎明前腹痛泄泻（五更泻），多伴有腰膝酸冷、畏寒肢冷等肾阳虚症状。固肠止泻丸中的补骨脂、五味子等成分可温补肾阳，但需与四神丸等经典方剂区别使用，严重肾阳虚者需配合其他温阳药物。
5、肠易激综合征腹泻型
对于情绪紧张或饮食不当诱发的腹泻型肠易激综合征，在排除器质性病变后，该药可通过调节肠道敏感性缓解症状。但需配合认知行为治疗等综合干预，伴有明显焦虑抑郁症状者需转诊心理科。
使用该药需注意辨证准确，急性胃肠炎或感染性腹泻禁用。孕妇、哺乳期妇女及儿童等特殊人群应谨慎使用。服药期间若出现便秘或症状加重应立即停药，慢性腹泻超过2周未缓解需进行肠镜等检查排除恶性病变。