脂肪肝囊肿患者就诊时，一般需根据具体情况选择消化内科、肝胆外科或肝病科。若无法明确病情，可首选消化内科进行初步诊断，再由医生判断是否需要转诊其他科室。
1、消化内科
脂肪肝属于代谢相关性疾病，通常由肝脏脂肪代谢异常引起，常伴随血脂、血糖异常等问题。消化内科医生可通过肝功能检查、超声或CT等影像学检查评估脂肪肝程度，同时排查是否合并肝囊肿。若囊肿较小且无症状，通常建议定期随访观察。
2、肝胆外科
当肝囊肿直径超过5厘米、引发腹痛、压迫胆管或存在感染风险时，需由肝胆外科评估介入或手术治疗方案。例如囊肿穿刺抽液、腹腔镜囊肿开窗术等外科处理方式，适用于囊肿快速增大或引起并发症的患者。
3、肝病科
若患者存在乙肝、丙肝等基础肝病合并脂肪肝及肝囊肿，或出现黄疸、腹水等严重症状时，肝病科可提供综合诊疗。该科室擅长处理复杂肝病，能同时监测肝功能异常、病毒性肝炎活动期等特殊情况。
首次就诊建议选择消化内科完成基础检查，如血常规、肝功能、肝脏弹性检测和影像学检查。若确诊肝囊肿需外科干预或存在其他复杂情况，医生会开具转诊单至对应科室。就诊前需空腹8小时以便抽血化验，携带既往体检报告帮助医生对比病情变化。