肠球菌感染的治疗难度通常与细菌耐药性相关。临床常见的粪肠球菌（Enterococcusfaecalis）和屎肠球菌（Enterococcusfaecium）中，后者耐药性更强且更难治疗。这两种细菌的治疗差异主要与以下因素有关：
1、耐药性差异
屎肠球菌对万古霉素的耐药率显著高于粪肠球菌。耐万古霉素肠球菌（VRE）中，约80%为屎肠球菌，其可能对β-内酰胺类、氨基糖苷类等多种抗生素耐药，导致治疗药物选择范围缩小。而粪肠球菌对氨苄西林等抗生素的敏感性相对较高。
2、药物选择限制
粪肠球菌感染可首选氨苄西林联合庆大霉素治疗。但屎肠球菌感染若为VRE时，需使用利奈唑胺、达托霉素或替加环素等二线药物，这些药物存在肝肾毒性风险且需静脉给药，治疗周期和成本均会增加。
3、感染部位复杂性
两种细菌均可引起尿路感染、菌血症或心内膜炎，但屎肠球菌更容易在植入医疗器械（如导管）表面形成生物膜，导致感染反复发作。其产生的毒力因子也可能加重组织损伤，增加清创或拔除植入物的治疗需求。
实际治疗中需通过细菌培养和药敏试验指导用药。若确诊为耐药性屎肠球菌感染，临床可能联合使用杀菌剂并延长疗程。患者需配合医生完成全程治疗，同时加强手卫生和隔离措施以避免交叉感染。