阴超检查的不适感因人而异，多数情况下仅会感到轻微不适。检查时使用的探头直径约2cm，医生操作通常较为轻柔，一般不会引起剧烈疼痛。
阴超检查过程中，探头进入阴道时可能会有短暂胀胀的感觉，这种不适多与个人紧张情绪或肌肉紧绷有关。部分女性因宫颈位置异常或阴道弹性较差，可能产生牵拉感，但持续时间通常不超过2分钟。对于从未有过性生活的女性，医生会改用经腹部或直肠超声替代。
个体疼痛敏感度差异较大，约15%-20%的受检者反馈有轻度压痛，这与检查时膀胱充盈度、子宫内膜厚度等生理状态相关。若存在急性盆腔炎、子宫内膜异位症等疾病，探头接触病灶区域可能引发疼痛，但这种情况发生率不足5%。
检查前建议排空膀胱，穿着宽松衣物便于检查。可与医生沟通自身耐受程度，必要时调整检查力度。检查后出现少量血性分泌物属正常现象，若持续腹痛或出血量增多应及时复诊。