卵巢囊肿的药物治疗需根据具体病因及性质选择，通常可以遵医嘱使用短效避孕药、孕激素类药物、抗生素等，中成药也可作为辅助治疗。建议在医生指导下明确囊肿性质后用药，避免自行盲目使用。
短效避孕药如屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片等，适用于功能性囊肿或子宫内膜异位囊肿。这类药物通过调节激素水平抑制囊肿增长，同时可缓解痛经、月经紊乱等症状。需连续服用21天后停药，待月经来潮后继续周期性使用。
孕激素类药物如地诺孕素、甲羟孕酮等，多用于子宫内膜异位症引起的囊肿。其作用机制是通过抑制子宫内膜细胞增殖，减少异位病灶活性。部分患者用药后可能出现突破性出血，需定期复查肝肾功能。
抗生素如头孢克肟、阿莫西林、甲硝唑等，适用于合并感染的卵巢囊肿。对于急性盆腔炎引发的囊肿，规范抗感染治疗可促进炎症吸收。用药期间需注意过敏反应及胃肠道不适等不良反应，疗程通常为7-14天。
发现卵巢囊肿后应及时进行超声监测，药物治疗期间建议每3个月复查。若囊肿持续增大、出现扭转破裂风险或疑似恶性，需考虑腹腔镜手术切除。日常应注意保持外阴清洁，避免剧烈运动导致囊肿破裂，出现急性腹痛需立即就医。