复方血栓通胶囊作为中成药，可能引起一定的药物不良反应，但存在个体差异性。用药期间若出现不适症状应及时停药并就医，避免自行调整用药方案。
复方血栓通胶囊的副作用主要包括消化道症状、过敏反应及神经系统反应。部分患者服药后可能出现胃部隐痛、恶心、食欲减退等消化道不适，这与药物成分对胃肠道的刺激有关。少数患者可能发生皮肤瘙痒、红斑等过敏反应，严重时可出现荨麻疹或呼吸困难。个别病例报道用药后出现头晕、头痛等神经系统症状，可能与药物扩张血管的作用相关。此外，长期用药者需定期监测肝肾功能，避免潜在肝肾负担。
使用复方血栓通胶囊期间，若出现皮疹、呕吐、持续头晕等症状应立即停药。服药后出现胸闷、心悸等不适需及时进行心电图检查。肝肾功能不全者用药前应咨询医师，避免与抗凝药物联合使用。严格遵循医嘱控制疗程，不可因症状缓解而自行长期服用。