支原体肺炎和衣原体肺炎可通过病原体类型、临床表现、实验室检查及影像学特征等方面进行鉴别，确诊需结合多项检查结果。两者均属于非典型肺炎，但具体特征存在差异，建议及时就医明确诊断。
1、病原体类型
支原体肺炎由肺炎支原体感染引起，属于柔膜体纲微生物。衣原体肺炎主要由肺炎衣原体感染所致，属于严格细胞内寄生的原核生物。病原体细胞结构差异导致二者对抗生素敏感性不同，如支原体无细胞壁故对β-内酰胺类抗生素不敏感。
2、临床表现
支原体肺炎常见阵发性刺激性干咳，夜间加重，多伴咽痛、肌肉酸痛，发热多为中低度。衣原体肺炎咳嗽多为迁延性干咳，常伴咽炎、声音嘶哑等上呼吸道症状，部分患者可出现喘鸣音。两者均可能引起肺外表现，但支原体感染更易引发皮疹、溶血性贫血等并发症。
3、实验室检查
支原体肺炎患者血清特异性IgM抗体在病程7天后升高，冷凝集试验阳性率约50%。衣原体肺炎可通过微量免疫荧光法检测急性期和恢复期双份血清抗体效价4倍以上升高确诊。核酸检测如PCR技术可直接区分两种病原体的特异性基因片段。
4、影像学特征
支原体肺炎多表现为节段性分布或小叶中央型间质浸润，常见支气管充气征。衣原体肺炎胸部CT多显示单侧肺门周围浸润影，呈斑片状或网状阴影，部分可见胸腔积液。两者均可能出现游走性病灶，但支原体肺炎更易形成肺实变。
当出现持续咳嗽、发热等呼吸道症状时，应及时进行血常规、C反应蛋白、胸部影像学等基础检查。临床医生会根据流行病学特点（支原体肺炎好发于5-15岁儿童，衣原体肺炎多见于青壮年）结合特异性实验室检测进行鉴别诊断，确诊后需遵医嘱规范使用大环内酯类或四环素类抗生素治疗。