金黄色葡萄球菌感染的首选药物需根据是否耐药进行选择。对于甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌，通常首选β-内酰胺类抗生素；若为耐药菌株，则需使用糖肽类或恶唑烷酮类抗菌药物。
金黄色葡萄球菌分为甲氧西林敏感菌株（MSSA）和甲氧西林耐药菌株（MRSA）。针对MSSA感染，临床常用苯唑西林、氯唑西林等耐酶青霉素类药物，这类药物能有效穿透细菌细胞壁抑制其增殖。头孢一代抗生素如头孢唑林也属于常规选择，其抗菌谱覆盖大部分敏感菌株。若患者对β-内酰胺类药物过敏，可考虑克林霉素等替代方案。
若感染由MRSA引起，需使用万古霉素进行静脉给药，该药通过与细菌细胞壁前体结合阻断其合成。替考拉宁作为糖肽类抗生素的另一种选择，具有较长半衰期。利奈唑胺等恶唑烷酮类药物可通过抑制细菌蛋白质合成发挥作用，适用于复杂性皮肤软组织感染。
具体用药方案需依据感染部位、严重程度及药敏试验结果综合判断。如为皮肤浅表感染，局部使用莫匹罗星软膏可能有效。重症感染需联合用药并监测肝肾功能，所有抗菌药物均应在医生指导下规范使用，避免随意停药或减量导致治疗失败或耐药性产生。