水飞蓟长期服用的安全性需要根据个人情况综合判断，通常不建议自行长期服用。该草药的主要活性成分水飞蓟素虽然具有一定的保肝作用，但持续使用可能带来潜在风险。
1、消化道反应
水飞蓟可能引起腹泻、腹胀、恶心等胃肠不适，这些症状在长期服用过程中可能持续存在。部分敏感人群可能出现食欲减退或胃部灼热感，尤其在空腹服用时更为明显。
2、激素水平影响
实验研究表明水飞蓟素可能具有弱雌激素样作用。对于乳腺癌、子宫内膜异位症等激素敏感性疾病患者，长期摄入可能干扰体内激素平衡，这类人群需特别注意用药安全。
3、药物相互作用风险
水飞蓟可能影响肝细胞色素P450酶系的活性，与华法林、二甲双胍等经肝代谢的药物同服时，可能改变这些药物的代谢速度。有报道显示其与糖尿病药物联用可能导致血糖波动，与抗凝剂合用可能增加出血风险。
需要特别注意的是，目前关于水飞蓟长期安全性的临床研究数据尚不充分。肝病患者应在医生指导下制定个体化治疗方案，定期监测肝功能指标变化。健康人群不建议将水飞蓟作为日常保健品长期使用，避免干扰正常的肝脏代谢功能。