朱砂作为一味传统中药材，一般具有安神定惊、清热解毒、镇惊止痉、明目退翳以及外用敛疮生肌等功效作用。其临床应用需在中医师指导下进行，不可自行服用。
1、安神定惊
朱砂性寒质重，寒能降火，重可镇怯。在中医理论中，心火亢盛或痰热扰心导致的心神不宁、惊悸失眠等症状，常用其配伍黄连、地黄等药材，通过清心火、镇心神的作用改善症状。
2、清热解毒
对于热毒炽盛引起的咽喉肿痛、口舌生疮等症，朱砂可发挥清热毒、凉血消肿的功效。常与冰片、硼砂等配伍制成散剂外敷或含漱使用。
3、镇惊止痉
小儿高热惊厥或癫痫发作时，朱砂能通过重镇安神的特性平肝熄风。中医经典方剂如朱砂安神丸便是利用此特性配伍其他药材发挥作用。
4、明目退翳
在眼科领域，朱砂可辅助治疗目赤翳障。其微量成分能与角膜表面的蛋白质结合形成保护膜，但现代临床已较少直接用于眼部治疗。
5、外用敛疮生肌
朱砂研磨成粉外敷时，对疮疡肿毒、皮肤溃烂等病症具有收敛杀菌作用。传统用法常与雄黄配伍，但需注意其重金属毒性可能影响伤口愈合。
由于朱砂主要成分为硫化汞，长期或过量使用可能导致汞中毒。现代临床已严格限制其使用范围，仅在某些经典成方中微量入药，且孕妇、肝肾功能不全者禁用。使用含朱砂的制剂时，必须严格遵循医嘱，定期监测体内汞含量。