奥美拉唑钠注射剂作为抑制胃酸分泌的药物，在临床使用中确实存在一定副作用，但多数患者耐受性较好。常见副作用包括头痛、恶心等，严重副作用较为罕见。
奥美拉唑钠注射剂可能引起胃肠道反应，如恶心、腹胀或便秘，这是由于药物抑制胃酸分泌后改变了消化道环境所致。部分患者可能出现神经系统症状，如头晕或头痛，通常在药物代谢后自行缓解。长期使用可能增加皮疹等过敏反应风险，与个体对药物成分敏感性有关。罕见情况下可能出现严重过敏反应，表现为呼吸困难或皮肤水肿，需立即停药处理。研究显示长期大剂量使用可能影响钙吸收，增加骨质疏松风险，但注射剂短期使用该风险较低。
使用过程中若出现心慌、肌肉抽搐等低镁血症表现，应及时检测电解质水平。用药期间应注意观察排尿情况，肾功能不全者需调整剂量。建议患者在医生指导下规范用药，出现不适及时告知医护人员，避免与其他抗凝药物联用增加出血风险。