三文鱼的脂肪含量相对较高，通常属于高脂肪鱼类。其脂肪含量因品种和生长环境不同有所差异，但整体高于大多数常见鱼类，而低于部分红肉。不过，三文鱼的脂肪以不饱和脂肪酸为主，属于优质脂肪来源。
野生三文鱼的脂肪含量通常在6%到12%之间，而养殖三文鱼因饲料和生长环境差异，脂肪含量可达到13%到18%。这些脂肪中富含Omega-3多不饱和脂肪酸，尤其是EPA和DHA，有助于调节血脂、促进神经系统发育。相较于同等重量的鸡胸肉（脂肪含量约3%）和瘦牛肉（脂肪含量约10%），三文鱼的热量密度较高，每100克可提供约180-200大卡热量。
对于需要控制热量摄入的人群，建议每周食用2-3次，每次控制在100-150克。烹饪方式建议选择清蒸、烤制或生食刺身，避免油炸或搭配高热量酱料。特殊人群如痛风患者需注意嘌呤摄入量，对鱼类过敏者应避免食用。
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