神门穴位于手腕掌侧横纹的尺侧端，即小指延伸至手腕末端的凹陷处。具体定位时可微屈腕关节，在尺侧腕屈肌腱的桡侧缘与腕横纹交会点取穴。
该穴属于手少阴心经的腧穴，周围分布有尺神经及尺动静脉分支。取穴时可将手掌向上，先找到腕掌侧横纹，沿小指侧向手腕方向延伸，在尺骨茎突与三角骨之间的凹陷处即为穴位所在。部分人群豌豆骨隆起较明显时，可在该骨桡侧缘的凹陷处准确定位。
日常按摩神门穴可采用指腹按揉法，每次持续按压1-3分钟，注意保持手腕自然放松状态。针灸操作需由专业医师使用0.5寸毫针直刺0.3-0.5寸，行针时可能出现局部酸胀感并向小指放射。需要特别注意的是，自行施针存在损伤神经血管风险，建议在具备资质的医疗机构进行治疗。