脑炎的严重程度需根据具体病情而定，部分患者可能症状轻微且预后良好，但也存在危及生命或遗留后遗症的风险。该疾病是否严重通常与致病原因、治疗时机以及患者自身状况密切相关。
病毒性脑炎早期规范治疗时，多数患者经抗病毒药物和免疫球蛋白治疗后，病情可得到有效控制。细菌性脑膜炎若未及时使用头孢曲松钠、万古霉素等抗生素，可能引发脑水肿、癫痫持续状态等并发症。结核性脑膜炎延误治疗会导致脑实质受损，可能出现认知障碍、运动功能障碍等远期影响。
婴幼儿因血脑屏障发育不完善，感染后更易出现高热惊厥、意识障碍等危重症状。免疫缺陷患者并发脑炎时，病原体更易扩散至脑实质深部，增加治疗难度。部分特殊病原体如单纯疱疹病毒性脑炎，即使规范治疗，仍有约30%患者会遗留神经功能缺损。
出现持续头痛、喷射状呕吐、颈项强直等脑膜刺激征时，应在24小时内就诊神经专科。确诊后需严格遵循医嘱完成全程治疗，定期复查脑脊液和影像学检查。恢复期患者可通过认知训练、物理治疗等手段促进神经功能康复，但具体康复效果需依据脑组织损伤程度而定。