隔夜木耳是否含有毒素不能一概而论，通常与保存方式和时间有关。正确保存的隔夜木耳一般可以食用，但泡发时间过长或储存不当可能滋生细菌并产生毒素。
若木耳在烹饪后及时冷藏密封保存，且放置时间不超过24小时，通常不会产生毒素。冷藏环境可抑制大部分细菌繁殖，此时木耳的质地和口感可能略有变化，但加热后仍可安全食用。若木耳在泡发阶段放置时间超过8小时，尤其在高温环境中，可能滋生椰毒假单胞菌。这类细菌代谢产生的米酵菌酸耐高温且毒性强，误食后会出现恶心呕吐、腹痛腹泻等症状，严重时可引发肝肾功能损伤。
需特别注意泡发木耳时建议用冷水浸泡1-2小时，避免隔夜久泡。食用前需观察木耳是否有黏腻感、异味或颜色异常，出现上述情况应立即丢弃。烹饪后的木耳若需保存，应尽快放入4℃以下的密闭容器，再次食用前需充分加热。
日常建议根据食用量泡发木耳，尽量现泡现用。若食用木耳后出现头晕、黄疸或持续性胃肠不适，需立即就医并告知医生饮食史，以便针对性治疗。