碘伏一般可以杀灭部分真菌，但其抗真菌效果可能弱于专门的抗真菌药物。其杀菌作用与真菌类型、感染严重程度等因素有关，不能一概而论。
碘伏是含碘的广谱消毒剂，能破坏微生物细胞膜结构及蛋白质合成。对于皮肤表面的毛癣菌、念珠菌等常见真菌，碘伏可通过释放游离碘发挥抑制或杀灭作用。但对于甲癣、深部真菌感染等情况，单纯使用碘伏可能难以彻底清除病原体。
若为手足癣等浅表真菌感染，可将碘伏稀释后外涂患处，每日2-3次辅助杀菌。但需配合特比萘芬乳膏、联苯苄唑喷雾剂等抗真菌药物联合使用。对于甲板增厚、糜烂渗液或伴有全身症状的真菌感染，建议及时就医进行真菌培养及药敏试验，在医生指导下选择伊曲康唑胶囊、氟康唑片等系统性抗真菌治疗。
使用碘伏处理真菌感染时需注意，其对皮肤黏膜有一定刺激性，外阴、口腔等敏感部位需谨慎使用。若使用后出现红肿、灼痛等反应应立即停用。日常需保持患处清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品。真菌感染易复发，治疗期间需遵医嘱足量足疗程用药，切忌症状缓解后自行停药。