可可粉对人体既有益处也有潜在风险，具体效果需结合摄入量及个人体质综合判断。适量食用可可粉通常有助于健康，但过量可能引发不适。
可可粉含有黄烷醇类物质，具有抗氧化特性，能帮助清除体内自由基，降低氧化应激反应。其所含的镁元素有助于维持神经肌肉功能，铁元素对血红蛋白合成有促进作用。适量摄入可可粉中的多酚成分可能改善血管内皮功能，对维持正常血压水平有一定帮助。但可可粉中的生物碱可能刺激胃酸分泌，胃肠功能较弱者空腹大量食用易引发反酸症状。市售部分可可制品含糖量高达30%-40%，长期过量摄入可能增加代谢综合征风险。
每日建议可可粉摄入量不超过20克，优先选择未碱化的天然可可粉。糖尿病患者应注意选择无糖产品，孕妇及哺乳期妇女每日摄入量建议控制在10克以内。对咖啡因敏感人群建议避免晚间食用，防止影响睡眠节律。若食用后出现持续性心悸、头痛等不良反应，应及时停用并咨询营养科医师。