鸡内金作为传统中药材，使用得当的情况下一般不会产生明显副作用，但不当使用可能引发不良反应。其安全性主要与用法用量、个人体质等因素有关。
鸡内金含有胃蛋白酶、淀粉酶等活性成分，过量服用可能刺激胃肠道黏膜，导致胃酸分泌增多。部分敏感人群可能出现胃部灼热、反酸、腹胀等消化道症状。对于脾胃虚弱或存在慢性胃炎等基础疾病者，此类反应可能更为显著。少数过敏体质者接触鸡内金后可能出现皮肤瘙痒、红疹等过敏反应，严重时可能伴随呼吸急促等全身症状，这类情况需立即停用并及时处理。
使用鸡内金期间需注意避免与强酸性药物同服，以免加重胃黏膜刺激。由于鸡内金具有消食化积作用，长期过量使用可能影响正常的消化功能调节机制。孕妇、哺乳期女性及儿童等特殊人群如需使用，建议先进行中医体质辨识，在医师指导下规范用药。服用期间如出现持续不适，应及时就医评估。