益母草作为中药使用，在常规剂量下一般比较安全，但部分人群使用后可能出现副作用。益母草含有生物碱等成分，若长期大量使用或体质特殊，可能引发不良反应。
益母草可能刺激胃肠道平滑肌，导致腹痛、腹泻或恶心等症状，尤其脾胃虚弱者更易出现。部分患者对益母草中的蛋白质成分敏感，可能引发皮肤潮红、荨麻疹等过敏反应，严重时可能出现呼吸困难。长期过量使用可能加重肝肾代谢负担，特别是本身存在肝肾功能异常者需警惕。孕妇服用可能引起子宫收缩异常，增加流产风险，故妊娠期禁用。
使用益母草制剂时应严格遵循医嘱，避免自行增加剂量或延长疗程。月经量多者、过敏体质人群以及哺乳期妇女使用前需咨询中医师。若用药期间出现头晕、心悸等异常反应，应立即停用并就诊。存储时需注意防潮防蛀，保持药材质量稳定。