吴茱萸作为一味温里中药，一般具有散寒止痛、疏肝降逆、助阳止泻、燥湿以及温经通络等功效和作用。其药性辛热，归肝、脾、胃、肾经，常用于寒邪内阻或寒凝经脉等证候。
1、散寒止痛
吴茱萸辛散苦泄，性热祛寒，能温中散寒、缓急止痛。对于胃寒气滞引起的脘腹冷痛、寒疝腹痛，常与干姜、木香等药物配伍。现代研究表明其挥发油成分可通过调节胃肠平滑肌张力缓解痉挛性疼痛。
2、疏肝降逆
本品入肝经，能疏解肝郁气滞，对于肝胃不和引发的呕吐吞酸、呃逆反胃有明显改善作用。常与黄连配伍治疗肝火犯胃证，临床数据显示该配伍对功能性消化不良有效率可达76%。
3、助阳止泻
吴茱萸能温补脾肾阳气，适用于脾肾阳虚所致的五更泄泻。与补骨脂、肉豆蔻等组成的四神丸，可使慢性结肠炎患者腹泻频率减少60%以上。其止泻机制可能与调节肠道水液代谢有关。
4、燥湿
本品苦温燥湿，外用可治疗寒湿引起的湿疹、湿疮。现代药理学发现其水煎剂对红色毛癣菌等皮肤致病真菌抑制率超过85%，常与苦参、黄柏等配伍制成洗剂。
5、温经通络
吴茱萸能温通经脉、散寒凝，适用于寒凝血滞导致的痛经、经闭。与当归、川芎配伍后，可使原发性痛经患者疼痛VAS评分下降4.2分。其有效成分能促进子宫微循环血流速度提升30%。
使用吴茱萸需注意其辛热燥烈之性，阴虚有热者忌用。常规煎服剂量为2-5克，过量可能引起心悸、头晕等不良反应。外用时建议在中医师指导下配制合适浓度，避免皮肤刺激。孕妇及出血性疾病患者慎用本品。