医学原虫感染可通过多种途径影响人体生理功能，通常涉及组织损伤、免疫反应异常以及代谢障碍等方面。常见原虫种类包括疟原虫、阿米巴原虫和弓形虫等，其致病机制因虫种而异。
1、组织细胞破坏
部分原虫直接侵入宿主细胞并繁殖，导致细胞破裂。例如，疟原虫感染红细胞后，通过裂殖增殖使红细胞破裂，引发溶血性贫血。阿米巴原虫可分泌蛋白水解酶，溶解肠道黏膜上皮细胞，形成特征性烧瓶样溃疡，严重时可穿透肠壁引起腹膜炎。
2、器官功能障碍
原虫寄生于特定器官可能干扰正常生理活动。弓形虫在免疫功能低下者体内可侵犯中枢神经系统，破坏神经细胞和胶质细胞，导致癫痫、意识障碍等症状。利什曼原虫在巨噬细胞内增殖，抑制吞噬功能，同时造成肝脾肿大及造血功能异常。
3、免疫病理损伤
原虫抗原持续刺激可能引发过度免疫反应。疟疾患者体内大量裂殖子释放时，促炎因子风暴会导致血管内皮损伤，表现为高热、休克等全身反应。慢性恰加斯病则可因自身免疫反应损伤心肌细胞，最终发展为心力衰竭。
日常预防需注意饮食卫生，避免接触污染水源，在疫区做好防蚊虫措施。若出现长期发热、腹泻或神经系统症状，应及时进行病原学检测，确诊后遵医嘱规范使用抗原虫药物治疗，并监测并发症发生。