消毒剂按作用水平一般可分为高效消毒剂、中效消毒剂和低效消毒剂三类，具体分类依据为杀灭微生物的能力和范围。
1、高效消毒剂
高效消毒剂能够杀灭包括细菌芽孢在内的所有微生物，如戊二醛、过氧乙酸和含氯消毒剂等。这类消毒剂作用强，常用于医疗器械、手术器械等高风险物品的灭菌处理。例如，含氯消毒剂可通过释放有效氯破坏微生物的酶系统，达到快速杀菌效果，适用于环境表面和污染物品的消毒。
2、中效消毒剂
中效消毒剂可杀灭细菌繁殖体、分枝杆菌、多数病毒和真菌，但不能杀灭细菌芽孢，常见的有碘伏、乙醇和酚类消毒剂。碘伏通过游离碘氧化病原体蛋白质，适用于皮肤和黏膜的消毒；乙醇则通过使蛋白质变性发挥作用，常用于手部和小型器械的快速消毒，但对亲水性病毒效果有限。
3、低效消毒剂
低效消毒剂仅能杀灭部分细菌繁殖体和亲脂性病毒，无法杀灭结核杆菌、细菌芽孢及多数真菌，如季铵盐类（苯扎氯铵）和氯己定等。这类消毒剂刺激性小，常用于日常清洁或低风险环境的表面消毒，例如家居物品、皮肤创口的初步处理，但需注意其作用范围较窄。
使用消毒剂时需根据实际需求选择合适类型，并严格按照说明书控制浓度与作用时间。高风险场所或医疗器械建议选用高效消毒剂，日常清洁可选中低效类型。操作时需做好个人防护，避免接触眼睛及黏膜，消毒后必要时用清水擦拭残留物。储存时应避光防潮，远离火源及儿童接触范围。