肉蔻四神丸作为中成药，具有温补脾肾、涩肠止泻、散寒止痛、固肠止遗、改善消化功能等功效与作用。其组方遵循中医理论，适用于脾肾阳虚所致的相关症状。
1、温补脾肾
肉蔻四神丸中的肉豆蔻、补骨脂等成分能温补肾阳、健脾益气，通过增强脾肾阳气改善五更泄泻、肠鸣腹痛等症状，适用于脾肾两虚导致的运化失常。
2、涩肠止泻
方中五味子、吴茱萸等药材具有收敛固涩作用，能减少肠道水分过度分泌，缓解慢性腹泻、久泻不止，尤其对黎明时分的泄泻效果显著。
3、散寒止痛
肉豆蔻的温中特性可驱散中焦寒邪，配合其他药物协同作用，能缓解腹部冷痛、遇寒加重的脘腹不适，改善寒邪困阻引起的消化系统症状。
4、固肠止遗
该药通过温阳固涩作用，对肾气不固导致的遗尿、遗精有一定调理效果，其收敛特性有助于固摄下焦，但需在中医师辨证后使用。
5、改善消化功能
全方配伍能促进脾胃运化，增强肠道吸收能力，缓解食欲不振、腹胀等消化不良症状，通过调节整体消化系统功能改善营养吸收。
使用肉蔻四神丸需严格遵循中医辨证，避免用于湿热泄泻或实热证候患者。服药期间应忌食生冷油腻食物，若症状持续或加重应及时就诊。孕妇及特殊人群用药前应咨询中医师，不可自行调整剂量或疗程。