囊腺瘤的严重性需根据其发生部位、大小及病理类型进行综合判断，多数情况下属于良性病变，但部分存在恶变可能。例如卵巢浆液性囊腺瘤多为良性，而胰腺囊腺瘤约有10%-20%可能发展为恶性肿瘤。
1、发生部位
不同部位的囊腺瘤恶性风险差异较大。卵巢囊腺瘤常见且多数为良性，但胰腺囊腺瘤需警惕恶性倾向，特别是黏液性囊腺瘤恶变率可达15%-30%。乳腺囊腺瘤通常为良性，但直径超过3cm时建议手术切除。
2、肿瘤体积
当囊腺瘤直径超过5cm时，可能压迫周围器官引发并发症。如肝囊腺瘤压迫胆管会导致黄疸，胰腺囊腺瘤压迫胰管可能诱发胰腺炎，这类情况需积极干预。临床数据显示，超过8cm的囊腺瘤破裂风险增加至12%左右。
3、病理类型
单纯性囊腺瘤基本无恶变风险，但乳头状囊腺瘤的恶变率可达5%-8%。病理检查发现囊壁细胞异型增生、核分裂象增多等特征时，需按交界性肿瘤处理，此类患者5年复发率约为20%-40%。
发现囊腺瘤建议每3-6个月进行超声或CT复查，肿瘤标志物CA199、CEA的持续升高可能提示恶变。对于生长迅速（年增速＞2cm）、囊壁增厚（＞3mm）或出现实性成分的病例，应及时进行穿刺活检或手术切除，术后需定期随访至少5年。