克罗恩病目前尚无法完全治愈，但通过规范治疗通常可以有效控制症状并维持病情缓解。该病属于慢性进展性疾病，治疗目标以减轻炎症、延缓进展和改善生活质量为主。
药物治疗是克罗恩病的主要控制手段。氨基水杨酸类药物适用于轻度患者，可减轻肠道炎症反应。糖皮质激素常用于中重度活动期患者，能快速抑制免疫反应，但需注意长期使用可能引发骨质疏松等副作用。免疫抑制剂如硫唑嘌呤通过调节免疫功能维持缓解状态，生物制剂如英夫利昔单抗可靶向抑制肿瘤坏死因子，适用于传统治疗无效的患者。
手术治疗主要针对并发症患者。约70%的克罗恩病患者最终需要手术干预，包括肠梗阻修补、脓肿引流或病变肠段切除等。术后仍需配合药物维持治疗，防止复发。营养支持治疗通过肠内营养制剂补充营养，既能改善营养不良状态，又有助于诱导缓解。
患者需定期进行肠镜和影像学检查监测病情变化。建议保持均衡饮食，避免高纤维、乳糖等可能诱发症状的食物。严格遵医嘱用药，不可自行调整药量或停药。约60%患者经过规范治疗可获得长期临床缓解，部分患者甚至可实现黏膜愈合。随着新型生物制剂的临床应用，患者的长期预后正在持续改善。