胡黄连通常不能完全替代黄连，两者在功效、应用范围等方面存在一定差异，需根据具体病情在医生指导下选择。胡黄连和黄连虽然名称相似，但来源于不同植物，且药性侧重不同。
胡黄连为玄参科植物胡黄连的干燥根茎，具有退虚热、除疳热、清湿热的功效，常用于阴虚骨蒸潮热、小儿疳积发热、湿热泻痢等症。黄连为毛茛科植物黄连的干燥根茎，以清热燥湿、泻火解毒见长，主治湿热痞满、高热神昏、痈肿疔疮等实热证。两者虽均为苦寒之品，但胡黄连更长于清退虚热，而黄连更擅长清泻实火。
在治疗湿热证时，两者均可使用，但黄连的燥湿作用更强。对于热毒炽盛引发的口舌生疮、目赤肿痛等症，黄连的解毒效果更为显著。而针对阴虚内热导致的夜间盗汗、五心烦热，胡黄连则更为适宜。特殊人群如孕妇、婴幼儿使用需格外谨慎，黄连可能引起胃肠道刺激，胡黄连过量使用可能影响消化功能。
建议在中医师辨证指导下使用，不可自行替换。用药期间应注意观察身体反应，若出现腹痛、腹泻等不适需及时停药就诊。保存药材时应分别存放，避免受潮变质影响药效。