灌肠治疗是否会产生不适因人而异，操作得当通常不会引起明显不适，但部分人群可能出现轻微腹胀、便意或短暂腹痛等反应。具体是否出现不适与操作方式、个体耐受度以及药物成分有关。
灌肠操作若手法不当可能刺激肠道黏膜，导致肛门或下腹部胀痛感。例如灌肠液温度过高或过低、导管插入过深等情况可能引发不适。对于敏感体质人群，即使规范操作也可能因肠道应激反应出现轻微绞痛，通常休息后可自行缓解。部分治疗性灌肠使用的药物可能改变肠道渗透压或产生化学刺激，如高渗溶液可能引起黏膜短暂充血，低渗溶液可能诱发肠蠕动异常。
若灌肠后出现持续腹痛、血便或发热等症状，需警惕肠穿孔或感染等并发症。治疗前应告知医生过敏史和肠道疾病史，治疗过程中保持放松可减少不适发生概率。术后建议平卧休息半小时，避免立即剧烈运动，饮食宜选择清淡易消化食物。