肛瘘可能会引起疼痛，但具体是否疼痛需视病情而定。多数情况下，肛瘘在急性感染期或形成脓肿时疼痛较为明显，而慢性期可能仅有轻微不适或无明显痛感。
1、急性感染期
肛瘘若继发细菌感染，局部可出现红肿、压痛或波动感。此时瘘管内的脓液积聚导致压力增高，刺激周围神经末梢，常引发较剧烈的疼痛，可能伴有发热、乏力等全身症状。
2、慢性稳定期
当感染得到控制或瘘管引流通畅时，肛瘘可能仅表现为肛周潮湿、瘙痒或排便时轻微坠胀感。部分患者的瘘管外口会间歇性排出脓血性分泌物，此时疼痛程度通常较轻。
3、复杂性肛瘘
高位肛瘘或存在多个分支瘘管的患者，因病变范围较广，可能伴随持续性隐痛或灼痛。若瘘管侵犯肛门括约肌，在排便或久坐后疼痛可能加重，部分患者还会出现肛门失禁等并发症。
若肛周出现反复肿痛、流脓或硬结，建议及时到肛肠外科就诊。通过肛门指诊、超声或磁共振检查可明确瘘管走向，医生会根据病情选择药物坐浴、抗生素治疗或手术治疗。日常生活中需注意保持肛周清洁，避免辛辣刺激饮食，排便后建议用温水清洗肛门。