长期服用莱菔子可能会产生一定的副作用，但具体反应因人而异，需在医生指导下合理使用。莱菔子作为中药材，其安全性取决于用药剂量、体质差异以及是否对症使用。
莱菔子性味辛、甘、平，具有消食除胀、降气化痰的功效。若长期过量服用，其辛散之性可能刺激胃肠道，导致腹胀、腹泻等不适，尤其脾胃虚寒者更易出现此类反应。现代药理研究表明，莱菔子含有的芥子碱等成分在过量摄入时可能影响消化酶活性。对于高血压患者，虽然莱菔子具有降压作用，但长期使用需监测血压变化，避免血压波动过大。此外，莱菔子与部分补气中药存在配伍禁忌，如与人参同用可能降低补益效果。
建议在中医师辨证后规范使用莱菔子，连续用药不宜超过2周。用药期间出现恶心、食欲减退等症状时应及时停药观察。特殊人群如孕妇、哺乳期妇女使用前需严格评估风险，儿童用药需调整剂量。储存时需注意防潮防蛀，避免药材变质影响药效。