卵巢巧克力囊肿的治疗方法主要包括药物治疗、手术治疗、中医治疗、物理治疗以及辅助生殖技术等，需根据囊肿大小、症状严重程度及生育需求选择合适方案。若未及时干预，可能影响生育功能或导致盆腔粘连。
1、药物治疗
适用于囊肿较小或症状较轻者。非甾体抗炎药如布洛芬可缓解痛经；短效避孕药如地诺孕素能抑制子宫内膜异位症进展；促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）如亮丙瑞林可通过降低雌激素水平缩小囊肿。药物需连续使用3-6个月，但无法根治病灶。
2、手术治疗
腹腔镜囊肿剥除术是首选方式，具有创伤小、恢复快的优势，术中需尽量清除异位病灶并保护卵巢功能。对于直径超过5cm、药物治疗无效或疑似恶变的囊肿，可能需行开腹手术。术后复发率约20%-40%，建议辅以药物巩固治疗。
3、中医治疗
采用活血化瘀类中药如桂枝茯苓胶囊，配合针灸关元、三阴交等穴位，可改善盆腔血液循环，缓解痛经和腰骶坠胀感。需在正规中医院辨证施治，避免擅自服用偏方。
4、物理治疗
局部热敷或红外线照射下腹部，有助于缓解急性疼痛发作。但该方法仅作为辅助手段，不能替代规范治疗。
5、辅助生殖技术
合并不孕者若术后1年未孕，可考虑试管婴儿技术。促排卵前需评估卵巢储备功能，囊肿较大可能需先穿刺抽吸降低对卵泡发育的影响。
建议确诊后每3-6个月复查超声监测囊肿变化，痛经加重或月经异常应及时就诊。治疗期间避免剧烈运动以防囊肿破裂，保持规律作息有助于调节内分泌。术后患者应遵医嘱定期随访，有生育需求者需在医生指导下把握受孕时机。