红枸杞和黑枸杞在营养成分和功效上各有优势，通常需根据个人需求选择。两者均含有抗氧化物质，但黑枸杞的花青素含量较高，红枸杞则富含类胡萝卜素和枸杞多糖。
黑枸杞含有丰富的花青素和原花青素，其抗氧化能力较强，有助于清除自由基，延缓细胞氧化损伤。研究表明，其花青素含量是蓝莓的3倍左右，对于需要改善皮肤状态、保护血管健康的人群更有针对性。此外，黑枸杞中的锌、铁等微量元素对增强免疫系统功能也有辅助作用。
红枸杞的类胡萝卜素和维生素C含量较高，其中枸杞多糖是其主要活性成分，具有调节免疫功能的作用。临床实验显示，红枸杞提取物能改善视疲劳，这与玉米黄质保护视网膜细胞的特性相关。对于长期用眼过度或需要增强体质的人群，红枸杞更为适用。
日常食用时可将两者搭配使用，但单日摄入总量不宜超过20克。脾胃虚寒者应控制摄入量，避免引起消化不良。建议在中医师指导下根据体质特点选择，如阴虚火旺者更适合黑枸杞，气血不足者可侧重红枸杞。