非结核分枝杆菌肺病的严重程度因人而异，通常需要根据患者的免疫状态、感染菌种类型以及是否存在基础疾病等情况进行综合评估。多数患者病情进展较慢，但部分可能出现严重症状或并发症。
非结核分枝杆菌肺病的严重性与感染菌种密切相关。鸟分枝杆菌复合群等常见菌种通常致病性较弱，病情进展缓慢；而脓肿分枝杆菌等快速生长型菌种可能导致更严重的肺部损伤。患者免疫功能正常时，可能仅表现为慢性咳嗽、低热等轻微症状；但对于存在慢性阻塞性肺疾病、支气管扩张等基础肺病的患者，感染容易加重原有病情，导致肺功能加速恶化。免疫抑制人群如艾滋病患者或器官移植受者，感染后易发生播散性病变，可能危及生命。
该病的治疗需长期联合使用抗生素，治疗周期通常持续12-18个月。患者应定期进行痰培养和药敏试验监测治疗效果，同时需注意药物可能引起的肝肾损伤等副作用。建议出现持续咳嗽、咳痰、体重下降等症状时尽早就诊呼吸科，在医生指导下制定个体化治疗方案，治疗期间需加强营养支持并严格遵医嘱用药。