美沙拉秦的副作用因人而异，但大多数患者可以耐受。该药物常见不良反应包括头痛、恶心等，但严重副作用相对较少见，需遵医嘱使用并定期监测。
美沙拉秦主要用于炎症性肠病的治疗，部分患者用药后可能出现消化道不适，如恶心、腹痛或腹泻，通常症状较轻微且会随身体适应药物逐渐缓解。少数患者可能出现过敏反应，表现为皮疹、瘙痒或发热，若症状持续需及时停药就医。极少数情况下可能引发肝肾指标异常，长期用药期间需定期复查肝肾功能。
使用美沙拉秦时应严格遵循医嘱，不可自行调整剂量。治疗初期建议记录身体反应，出现血便、持续呕吐或黄疸等严重症状应立即停药并联系医生。对于有磺胺类药物过敏史或肾功能不全患者，需提前告知医生评估用药风险。