肾囊肿是否会疼痛需要根据具体情况分析。单纯性肾囊肿体积较小时通常无明显症状，但囊肿增大或发生并发症时可能引起疼痛。
单纯性肾囊肿多数情况下不会引起疼痛。这类囊肿直径多在2-10cm之间，生长速度缓慢，临床数据显示约70%患者无任何自觉症状。当囊肿直径超过5cm时，可能对肾包膜产生牵拉或压迫周围组织，此时可能出现腰部钝痛或胀痛，疼痛部位多位于患侧肋骨脊柱角区域。
复杂性肾囊肿可能伴随疼痛。感染性囊肿会出现发热、寒战及患侧腰部持续性疼痛，实验室检查可见白细胞计数升高。囊肿破裂时可引发突发性剧烈腰痛，可能伴有血尿症状。约15%的出血性囊肿患者可能出现间歇性绞痛，超声检查可见囊内回声增强。
建议肾囊肿患者定期进行超声监测，每6-12个月复查一次。当出现持续性腰痛、血尿或血压异常升高时，应及时就诊泌尿外科。对于直径超过4cm或有压迫症状的囊肿，可在医生指导下考虑超声引导下穿刺硬化治疗或腹腔镜去顶减压术。