溏心鸡蛋含有丰富的蛋白质、维生素和矿物质等营养成分，但需注意食用安全性。其营养价值与全熟鸡蛋接近，但可能存在消化吸收差异和细菌感染风险，需根据个人情况选择。
溏心鸡蛋的蛋黄呈半流动状态，这种烹饪方式对蛋白质结构的影响较小，理论上可保留更多维生素B1、B2等热敏性营养素。但未完全凝固的蛋清中含有抗生物素蛋白，可能影响生物素吸收，充分加热后这种物质会被破坏。此外溏心蛋的蛋白质消化率约为90%，而全熟蛋可达98%左右。
从食品安全角度分析，溏心鸡蛋存在沙门氏菌污染风险。建议选择经过巴氏杀菌的鸡蛋，烹饪时确保蛋壳完整洁净，煮沸后继续烹煮5-7分钟。老人、孕妇、儿童等免疫力较弱人群应避免食用溏心蛋，可选择全熟蛋获取更安全的营养补充。日常储存鸡蛋需冷藏保存，避免交叉污染。