蛋白酶是一种能够催化蛋白质水解的酶，其作用机制主要包括催化水解反应、断裂肽键、底物特异性识别、辅助消化吸收以及参与生物代谢等。这些机制共同完成对蛋白质的分解和利用。
1、催化水解反应
蛋白酶通过降低水解反应的活化能，加速蛋白质中肽键的断裂。其活性中心含有特定的氨基酸残基，能够与底物形成过渡态复合物，促使水分子攻击肽键，完成水解过程。
2、断裂特定肽键
不同蛋白酶对肽键的断裂位点具有选择性。例如胰蛋白酶专门水解赖氨酸或精氨酸羧基端的肽键，这种特异性由酶分子三维结构与底物的空间匹配度决定。
3、底物特异性识别
蛋白酶通过结合口袋的形状、电荷分布和疏水性区域，精确识别特定氨基酸序列。这种特异性使不同蛋白酶在生物体内执行特定功能，如凝血酶仅切割纤维蛋白原特定位点。
4、辅助消化吸收
消化系统中的蛋白酶将食物蛋白质分解为可吸收的小肽和氨基酸。胃蛋白酶在酸性环境下启动蛋白质分解，胰蛋白酶和糜蛋白酶在小肠中继续降解多肽链。
5、参与生物代谢
细胞内蛋白酶负责调控蛋白质周转，通过泛素-蛋白酶体系统降解异常或衰老的蛋白质。某些蛋白酶还能激活酶原，如胰蛋白酶原在肠道被肠激酶激活后获得催化活性。
蛋白酶的作用机制具有高度专一性和高效性，这种特性使其在生物医药领域广泛应用。当出现消化功能障碍时，应及时就医评估消化酶活性，避免自行使用酶制剂影响诊断和治疗。