RNA酶抑制剂通常通过结合并灭活RNA酶、竞争性抑制酶活性、形成物理屏障、维持环境稳定以及螯合辅助因子等方式保护RNA。其作用机制涉及多个层面，可有效避免RNA在实验或生物体内被降解。
1、结合并灭活RNA酶
RNA酶抑制剂能够与RNA酶的活性位点特异性结合，使其三维结构发生改变，从而丧失催化RNA水解的能力。这种结合通常具有高度亲和力，能够长时间维持RNA酶的失活状态，确保RNA分子在提取或保存过程中不被分解。
2、竞争性抑制酶活性
部分抑制剂通过模拟RNA底物的结构，与RNA酶活性中心的结合位点竞争性结合。这种机制可阻断RNA酶与真实RNA分子的接触，减少底物被催化降解的几率。例如，某些抑制剂含有类似磷酸二酯键的结构，干扰RNA酶对RNA链的识别。
3、形成物理屏障
大分子抑制剂能在RNA表面形成空间位阻，通过物理隔离作用阻止RNA酶接近RNA分子。这种保护方式特别适用于体外实验环境，可有效减少气溶胶中RNA酶对样本的污染风险。
4、维持环境稳定
部分抑制剂通过调节溶液pH值或离子强度，改变RNA酶的最适反应环境。例如维持酸性环境可使多数RNA酶构象不稳定，降低其催化效率，从而间接保护RNA结构的完整性。
5、螯合辅助因子
某些金属离子依赖性RNA酶需要镁、钙等离子作为辅助因子。抑制剂通过螯合这些金属离子，破坏RNA酶的活性中心结构，使其无法完成催化反应，这种去活性作用具有可逆性特点。
使用RNA酶抑制剂时需注意保存温度，避免反复冻融影响活性。实验操作建议在冰上进行，并配合无菌无酶耗材使用。对于不同类型的RNA样本，应根据具体实验需求选择合适的抑制剂种类和浓度配比，必要时可咨询专业人员优化实验方案。