蛋白核小球藻一般不能直接达到减肥效果，但可能通过辅助调节代谢起到一定作用。其作用机制可能与热量低、膳食纤维含量较高等因素有关，但效果存在个体差异，不能作为主要减肥手段。
蛋白核小球藻本身属于低热量食物，适量食用可减少其他高热量食物的摄入。其含有的膳食纤维可能增加饱腹感，延缓胃排空时间，从而减少进食量。部分研究显示其含有叶绿素、维生素等成分，可能参与脂肪代谢过程，但对体重的影响仍需更多临床数据支持。
目前尚无权威研究表明蛋白核小球藻具有直接分解脂肪或抑制脂肪合成的功效。减肥需要结合控制总热量摄入、均衡饮食以及规律运动，单纯依赖某种食物难以达到理想效果。若需使用相关产品，建议在医生或营养师指导下进行。