巧克力囊肿的手术方法主要包括腹腔镜手术、开腹手术、超声引导下穿刺术等，具体需根据病情严重程度及患者个体情况选择。术后常需结合药物治疗和长期管理以预防复发。
1、腹腔镜手术
这是目前首选的治疗方法，属于微创手术。医生通过腹部小切口置入腹腔镜器械，直接剥除囊肿并尽量保留正常卵巢组织。该术式创伤小、恢复快，适用于囊肿直径大于4厘米或伴有严重痛经的患者。术中可同时处理盆腔内的其他子宫内膜异位病灶。
2、开腹手术
适用于囊肿巨大、广泛盆腔粘连或存在恶变风险的特殊情况。通过腹部较大切口直接切除病变组织，视野更清晰便于彻底清除病灶。但术后恢复时间较长，可能对卵巢功能影响较大，通常作为腹腔镜手术的补充方案。
3、超声引导下穿刺术
在超声实时监测下，经阴道穿刺抽吸囊液并注入硬化剂。这种方法创伤最小，适用于不能耐受手术的高危患者或复发性囊肿，但存在囊壁残留导致复发的风险，需严格掌握适应症。
4、药物治疗
术后常联合使用促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）3-6个月，或口服避孕药等药物抑制雌激素水平，延缓复发。中药调理需在中医师指导下进行，常用具有活血化瘀作用的药物辅助治疗。
5、术后管理
建议术后每3-6个月复查超声和CA125指标，监测复发情况。年轻有生育需求者应尽早备孕，已完成生育者可考虑长期服用避孕药维持治疗。日常需避免过度劳累，保持规律作息。
术后需遵医嘱定期随访，出现异常腹痛或月经改变应及时就诊。治疗期间应保持良好心态，配合医生制定个体化的长期管理方案，特别注意35岁以上患者需加强恶变监测。