血吸虫病在早期发现并及时治疗的情况下，一般可以达到临床治愈的效果。但如果病情进展到晚期并出现并发症，可能难以完全恢复器官功能损伤。治疗效果主要与感染阶段、治疗时机以及是否出现并发症有关。
血吸虫病是由血吸虫寄生引起的寄生虫病，吡喹酮是主要的治疗药物。在感染初期，寄生虫尚未对肝脏、肠道等器官造成严重损害时，规范使用吡喹酮可有效杀灭成虫和虫卵，此时治愈率较高。但当病程进入晚期，可能出现肝纤维化、脾功能亢进或门静脉高压等不可逆损害，即使病原体被清除，这些器质性病变也难以完全逆转。
确诊后应及时在传染病专科医院进行规范化治疗。治疗期间需严格按照医嘱完成全程用药，即使症状缓解也不可自行停药。治疗后应通过粪便虫卵检查、血清学检测等方式确认病原体清除情况。疫区居民应注意避免接触疫水，做好个人防护措施。