鱼油胶囊不适合对鱼类过敏、有出血性疾病、处于围手术期、孕妇及哺乳期女性以及肝功能异常的人群使用，以免诱发或加重相关健康问题。具体禁忌人群需结合自身情况由医生评估。
鱼油胶囊可能引起对鱼类或海鲜过敏的人群出现皮肤瘙痒、荨麻疹、呼吸困难等过敏反应。存在血友病、血小板减少症等出血性疾病的患者服用后可能因抗血小板作用增加异常出血风险。近期需要接受外科手术或存在未愈合创面者使用鱼油可能干扰正常凝血机制。孕妇和哺乳期女性过量摄入可能影响胎儿发育或通过乳汁影响婴儿，需严格遵循医嘱。重度肝功能不全者代谢鱼油的能力下降，可能导致药物蓄积加重肝脏负担。
服用抗凝药物如华法林、阿司匹林的人群需警惕鱼油增强抗凝效果引发的出血倾向。建议存在上述情况者在医生指导下评估使用鱼油胶囊的必要性，避免自行盲目服用。日常可通过适量进食深海鱼类获取Ω-3脂肪酸，既安全又能满足营养需求。