胃肠炎通常可以治疗好，但具体预后与病因、病情严重程度以及治疗是否及时等因素有关。大多数患者经过规范治疗可有效缓解症状，恢复健康。
急性胃肠炎主要由细菌、病毒等病原体感染引起，多数患者在及时补液、抗感染等对症治疗后，可在数天至一周内痊愈。例如由诺如病毒引起的胃肠炎，通常具有自限性，通过口服补液盐防止脱水，配合蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊等药物调节肠道功能，病情可较快恢复。细菌性胃肠炎需根据药敏结果选用头孢克肟片、左氧氟沙星片等抗生素，遵医嘱完成疗程后大多预后良好。
慢性胃肠炎多与幽门螺杆菌感染、长期饮食不当等因素相关，治疗周期相对较长。根除幽门螺杆菌需规范使用阿莫西林胶囊、克拉霉素片、奥美拉唑肠溶胶囊和胶体果胶铋胶囊四联疗法，持续治疗10-14天。同时需调整饮食结构，避免辛辣刺激性食物，配合康复新液等黏膜保护剂，多数患者症状可得到有效控制。但存在肠化生等癌前病变时，需定期进行胃镜监测。
出现持续腹痛、呕吐、便血等症状时，建议及时到消化内科就诊。治疗期间需严格遵循医嘱用药，避免自行停用抗生素导致耐药性。日常注意饮食卫生，实行分餐制预防幽门螺杆菌交叉感染，规律进食易消化的食物有助于胃肠功能恢复。