益生菌一般不适合免疫系统受损者、重症患者、术后患者、特殊生理期人群以及存在肠道损伤的人群使用。以下人群需特别注意避免自行服用，以免引发不良反应或加重病情。
1、免疫系统受损者
艾滋病、器官移植术后或正在接受放化疗的患者，由于免疫功能低下，服用益生菌可能导致菌群移位引发感染。这类人群肠道屏障功能较弱，外源性微生物可能进入血液循环造成菌血症。
2、重症患者
处于败血症、感染性休克等危重状态的患者，其体内微生态处于失衡状态。盲目补充益生菌可能干扰医疗团队对病情的判断，且重症监护患者常需多种药物治疗，存在药物相互作用风险。
3、术后患者
特别是接受过肠道手术或存在消化道吻合口未愈合的患者，肠道结构完整性受损时补充益生菌，可能增加吻合口瘘风险。胃肠手术后早期患者消化吸收功能未恢复，可能出现菌群定植异常。
4、特殊生理期人群
孕妇、哺乳期妇女及婴幼儿使用益生菌需谨慎。虽然某些菌株如鼠李糖乳杆菌GG株有部分临床研究，但不同菌株安全性差异较大，普通益生菌制剂可能含有不适宜婴幼儿肠道的添加剂成分。
5、肠道损伤患者
急性胰腺炎、肠梗阻等疾病伴随肠道黏膜损伤时，益生菌可能通过受损肠壁进入腹腔或血液。严重炎症性肠病活动期患者使用后可能出现腹胀、腹泻加重等情况。
存在上述情况的人群若确需使用益生菌制剂，应经消化科或相关专科医生评估。服用免疫抑制剂、糖皮质激素等特殊药物者，需提前告知医生用药史。益生菌并非保健万能品，特定疾病状态下的使用可能产生不可预见的风险。