肛瘘一般会引起疼痛，但具体疼痛程度可能因病情不同有所差异。若肛瘘处于急性感染期或合并肛周脓肿，疼痛可能较为明显；若处于慢性阶段，疼痛可能较轻或仅表现为局部不适。
1、急性感染
肛瘘在急性感染期时，由于局部炎症反应刺激周围神经，常会出现明显的肛门周围红肿、疼痛，尤其在排便、久坐或受压时疼痛可能加重。此时还可能伴随发热、乏力等全身症状。
2、慢性阶段
若肛瘘长期存在但未急性发作，瘘管内口可能暂时闭合，脓液排出减少，此时疼痛感可能减轻，仅表现为肛门坠胀、隐痛或异物感。部分患者可能在触摸瘘管外口时出现轻微压痛。
3、合并脓肿
若肛瘘继发肛周脓肿，感染向深层组织扩散，疼痛可呈持续性跳痛或胀痛，局部皮肤温度升高，严重时可能出现排便困难或无法正常坐卧。此时需及时进行切开引流等处理。
出现肛瘘相关症状时，建议尽早就诊肛肠科，通过直肠指诊、肛周超声等检查明确病情。治疗期间需保持肛周清洁，避免食用辛辣刺激性食物，并按医生建议选择药物坐浴、抗生素或手术治疗。