银杏叶可能引起胃肠道不适、过敏反应、出血倾向等副作用，禁忌人群包括孕妇、出血性疾病患者及过敏体质者。使用时需遵医嘱，避免与抗凝药物同服。
银杏叶中含有的银杏酸等成分可能刺激胃肠黏膜，部分人群服用后会出现恶心、腹痛或腹泻等症状。体质敏感者可能因其中黄酮类化合物引发皮疹、瘙痒等过敏反应。此外，银杏叶具有抗血小板聚集作用，长期或过量使用可能增加异常出血风险，表现为牙龈出血、鼻衄等症状。
银杏叶制剂禁用于孕妇，因其可能影响胎儿发育。存在脑出血、胃溃疡等出血性疾病的患者禁用，以免加重出血倾向。围手术期患者需提前2周停用，防止术中出血不止。对银杏成分过敏或既往有严重过敏史者应避免接触。需特别注意与华法林、阿司匹林等抗凝药物联合使用时，可能产生协同作用导致出血风险倍增。
使用银杏叶制剂前应详细告知医生用药史及过敏史，服用期间避免饮酒或进食辛辣刺激性食物。若出现皮下瘀斑、黑便等异常出血症状，或发生呼吸困难等严重过敏反应，需立即停药并就医。药膳中使用新鲜银杏叶存在中毒风险，建议选择经过脱毒处理的规范制剂。