牛黄上清丸一般具有清心火、胃火、肝火、肺火以及肠火等功效和作用。作为中成药，其组方依据中医理论针对不同脏腑实热证进行调理，需在医师指导下使用。
1、清心火
心火旺盛常表现为口舌生疮、心烦失眠等症状。牛黄上清丸中的黄连、黄芩等成分可清心经实热，通过调节心火亢盛状态改善上述症状，但需注意虚火证候不适用。
2、清胃火
针对胃热炽盛导致的牙龈肿痛、口臭便秘等症，方中大黄、栀子等药物可泻胃腑实火。其寒凉药性能够中和胃中积热，但脾胃虚寒者需慎用。
3、清肝火
对于肝火上炎引发的目赤肿痛、头痛眩晕等病症，该药通过龙胆草、菊花等成分发挥平肝潜阳作用。其清热功效可缓解肝胆湿热引发的眼部充血和偏头痛。
4、清肺火
肺热咳嗽、咽喉肿痛等上呼吸道症状适用。牛黄上清丸中的连翘、薄荷等具有宣肺散热功效，能改善肺热壅盛引发的咽喉部灼热感和痰黄症状。
5、清肠火
肠道积热导致的便秘、肛门灼热等症，可通过方中大黄等泻下药物清除肠腑实热。其通便作用有助于排出体内积滞的热邪，但不宜长期使用以防损伤正气。
使用前需经中医师辨证，明确属于实热证型方可应用。服药期间应避免辛辣油腻饮食，若出现腹泻等不良反应应及时停药。孕妇、体弱多病者及慢性病患者需在专业指导下使用，不可自行盲目用药。