柴胡桂枝干姜汤作为中医经典方剂，主要具有和解少阳、温中散寒、调和营卫等功效，临床上常用于治疗外感病、消化系统疾病、妇科疾病、情志病以及亚健康状态等病症。具体用药需经中医师辨证后决定。
1、外感病
本方适用于少阳病兼有里寒的证候，常见于感冒、流感等外感疾病后期。当邪气滞留少阳经，出现寒热往来、口苦咽干等症状时，配合干姜、桂枝等温中药物可调和营卫，改善反复低热、恶寒等表现。
2、消化系统疾病
对于脾胃虚寒型慢性胃炎、功能性消化不良等病症，方中干姜温中散寒，柴胡疏肝解郁，桂枝通阳化气，能缓解脘腹冷痛、食欲不振、肠鸣便溏等症状。临床多用于寒热错杂、肝脾不调证候。
3、妇科疾病
针对寒凝血瘀型月经不调、痛经等妇科病症，桂枝温经通脉，柴胡疏肝理气，配合干姜温煦胞宫，可改善经期腹痛、经血暗黑有块等症状。需注意经期出血量多者慎用。
4、情志病
适用于肝郁气滞伴随脾阳不足的焦虑症、抑郁症等情志疾病。柴胡疏解肝郁，桂枝振奋心阳，干姜温补脾土，可缓解胸胁胀闷、情绪低落、神疲乏力等身心症状，常配合心理疏导综合治疗。
5、亚健康状态
对长期疲劳综合征、体质虚寒等亚健康状态，通过调和阴阳、温补中焦的作用，能改善畏寒肢冷、精神萎靡、反复感冒等阳虚症状。需配合饮食调养及适度运动。
使用该方剂前需由中医师进行体质辨识，根据具体症状调整药物配伍比例。孕妇、阴虚火旺体质及急性发热患者不宜擅自服用，治疗期间应忌食生冷油腻，保持规律作息以增强疗效。