正常瞳孔颜色一般为黑色或深棕色，但可能因个体差异有所不同。瞳孔颜色主要与虹膜中色素的含量和分布有关，通常由遗传因素决定。
正常瞳孔呈现黑色或深棕色是因为虹膜基质层含有大量黑色素细胞。亚洲人虹膜色素密度较高，多表现为深棕色；部分白种人因虹膜前层色素较少，可能呈现蓝色或绿色。婴幼儿虹膜色素尚未完全沉积，6个月至3岁期间颜色会逐渐加深定型。在强光照射下，瞳孔缩小会使得颜色显得更深。
若发现瞳孔颜色异常改变，如出现灰白色、黄绿色或红色反光，建议及时到眼科就诊。单侧瞳孔颜色改变可能提示虹膜睫状体炎、眼内肿瘤等疾病。瞳孔区出现白色反光（白瞳症）需排除先天性白内障、视网膜母细胞瘤等严重眼病。眼科医生可通过裂隙灯显微镜、眼底镜等专业设备进行鉴别诊断。